'포탄 쪼개기'는 대포에서 발사되는 포탄을 '일도'나 '권총'을 선택해서 타이밍에 맞춰 파괴하는 미니게임으로, 스코어가 일정치에 달하면 동→은→금으로 평가가 상승한다. 금의 평가를 획득하면 다음 난이도가 열리고, 은 이상의 평가를 획득하면 무구의 소재를 얻을 수 있습니다. 이 소재는 반복해서 획득할 수 있다.

미션에는 강적과의 배틀이나 상대를 포박해야 하는 추격전 등이 있으며, 의뢰를 달성하면 돈과 천계서를 보수로 얻을 수 있다. 본 미션에서 싸우게 되는 현상수배범 중에는 히트 액션에 반격을 가하거나, 속성을 가진 칼을 사용하는 등의 강적들이 다수 있다. 

'배틀 던전'에서는 막부가 신선조에게 내린 극비 임무를 수행한다. 배틀 던전의 스테이지는 '도적의 동굴', '의적의 폐광' 등이 존재하며、던전 안에는 창이 날아오는 함정, 장치를 작동시켜야 열리는 문도 있다.

임무에는 던전 심층부의 강적 격파뿐만 아니라, 빼앗긴 천냥함을 탈환하거나 잡혀간 마을 주민들을 구출하는 임무도 있다. 임무 성공에 따른 보수로는 돈은 물론이고 던전 내의 항아리나 상자, 쓰러뜨린 적의 무기, 무구의 소재 등도 입수할 수 있다.

소재를 구하기 쉬우므로 무구의 생성과 강화를 위해서라도 배틀 던전을 잘 활용하는 것이 좋다.

배틀 던전에서는 적이 대규모로 나타나거나 등장하는 적이 모두 총을 가지고 있기도 하는 등, 본편과는 전술을 달리해야 하는 미션이 존재한다. 또한 각 미션의 심층부에는 강적이 기다리고 있으며 견고한 갑옷이나 화염 및 번개와 같은 속성 무기를 장비하고 있을 때도 있다. 

미션에 따라서는 료마를 훨씬 뛰어넘는 거구의 보스가 기다리고 있을 때도 있다. 그 체구에서 나오는 강력한 일격도 특징이지만, 거리를 너무 벌리면 화살로 마구 공격해오기 때문에 주의 깊게 상대방의 모습을 살펴야 한다. 

각지에서 많은 실력자들이 모여 매일같이 각축전을 벌이는 투기장에서는 5인의 대전 상대와 연전을 치루는 「승자 진출전」과 연달아 나타나는 100인의 적과 싸우는 '백 명 베기'의 2가지 대회 형식이 있'다. 계속 이기다보면 상금과 무구, 아이템 등의 경품과 교환할 수 있는 '투옥'을 획득할 수 있다. 다른 곳에서는 입수하기 힘든 귀중한 물건도 있다.

5인의 대전상대와 연전을 치루는 '승자 진출전'은 여러 종류로 나뉘어져 있으며 칼, 총, 격투술을 사용하는 적은 물론이고 때에 따라 조금 특이한 무기를 가진 강적도 등장한다. 또한, 격파에 성공하면 대전상대가 무구의 소재가 되는 아이템을 떨어뜨릴 때가 있다.

적 100명과 연달아 싸우는 '백 명 베기'는 쓰러뜨린 적의 수에 따라서 획득하는 투옥과 상금이 점점 증가한다. 도전하기 전에 선택한 배틀 스타일을 도중에 변경할 수 없다. 

도쿠가와 요시노부는 직선상을 관통하는 화염 공격을 사용하기 때문에, 거리를 두고 있어도 안심할 수 없다. 자칫 공격을 당하면 큰 피해와 함께 화상을 입게 된다. 심지어 가드조차 튕겨버리는 강력한 기술이기 때문에 잘 회피하며 싸우는 것이 좋다.
 

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