1.  초반에 바로 신 여캐릭터 마리 일러스트리어스가 등장해서 에바5호기로 사도 하나를 
     자폭으로 섬멸시키며 시작.  마리는 엔트리플러그째 비상탈출로 생존.

2.  소류대신 다른 성을 가진 채로 아스카 등장.   
     등장과 동시에 새로운 사도는 2호기의 이나즈마킥으로 섬멸.

3.  카지는 아담대신 새로운 대체품을 겐도에게 전달.

4.  TV판에 나왔던 사도 사하키엘 등장. TV판과 동일한 작전으로 섬멸.
     전투신 묘사에 약간의 변화가 있고 퀄리티가 좋아짐.

5.  레이와 아스카의 대인관계 상태가 극이 흐를수록 많이 좋아짐.
     특히 레이는 겐도와 신지의 관계를 도와주기 위해 식사파티를 계획.

6.  식사파티 당일 에바 4호기의 기동실험을 진행.
     TV판과 달리 스즈하라 대신 대인관계가 절정으로 좋아진 아스카가 
     파일럿으로 선택되어 탑승과 동시에 사도화.

7.  아스카와 싸우지않는 신지대신 더미시스템으로 사도화된 에바4호기 섬멸.
     엔트리플러그를 입으로 씹어버리지만 사망하지는 않고 
     "사도에 오염된 인간"이라는 샘플로써 기지내 수용중임을 보여주는 장면 등장.

8.  초호기로 농성을 한 신지는 쫒겨나고 동시에 TV판 최강사도였던 제르엘 등장.
     동시에 1개국 에바3기이상 보유금지라는 바티칸 조약에 의해 봉인되었던 2호기가
     네르프의 영향권밖에서 새로운 파일럿 마리와 함께 출격.

9.  마리는 영향없는 수차례의 공격시도 후, 에바2호기의 수화모드 "블랙코드 더 비스트" 발동.

10.  월등한 전투력을 보여주지만 2호기는 여전히 수세에 몰리고 
       N2지뢰대신 N2 미사일을 든 0호기 출격.

11.  비스트모드인 2호기의 AT필드 침식과 동시에 0호기 자폭.

12.  초호기가 사도를 섭취했던 TV판과는 반대로 사도가 자폭후 정지한 0호기를 발목위까지 통채로 삼킴.
      그후 사도의 모습을 버리고 융화시작.

13.  신지가 초호기로 출격한 후 본인의 의지를 가진 채 폭주하여 그대로 레이회수를 위해
       초호기 각성을 시작함.
 
14.  사도를 섬멸하지만 각성한 초호기에 의해 서드 임팩트의 징조가 나타나면서 엔딩 크레딧 등장.

15.  엔딩 크레딧이 끝난 후 서드 임팩트를 일으키기 직전의 초호기에 롱기누스의 창과 비슷한 무기가 관통하면서
      TV판의 리리스를 에바화시킨 달에서 건조한 "마크6"  에바6호기에 탑승한 나기사 카오루 등장. 서드 임팩트의 징조 사라짐.